Desa Kalirejo adalah salah satu desa diantara 26 desa yang ada di kecamatan Dukun Kabupaten Gresik. Desa Kalirejo awalnya terdiri dari 4 Dusun yaitu :

1. Dusun Tambangan;

Karena pada waktu itu disini terdapat tempat penyebrangan yang menggunakan perahu baik orang yang mau kepasar maupun yang mau berkunjung ke sanak familinya. Dan pada akhirnya Dusun Tambangan bergabung dengan Dusun Gedong karena Jumlah Penduduk dan Luas Wilayahnya serta ada pengerukan Sungai Bengawan Solo yang dibuang ke Dusun Tambangan.

     2. Dusun Gedong;

Masyarakat disini hidupnya berkecukupan dan mempunyai rumah yang megah menyerupai bangunan Gedung, dan karena lidah orang jawa sehingga menjadi Gedong.

     3. Dusun Ngulek

Dulu di wilayah terdapat pusaran air bengawan solo dan terjadi tradisi pernikahan antar warga setempat yang hanya mulek di dukuan itu saja, sehingga di sebut dengan Ngulek.

      4. Dusun Kalimati

Dinamakan Kalimati karena kalinya (sungai) dialih fungsikan oleh Belanda pada zaman perjuangan yang sekarang menjadi Pasar yang dikelolah oleh Pemda Gresik, akan tetapi Desa kalirejo memperoleh ganti 4 (empat) GERDU (Pos Kamling yang terbuat dari Kayu Jati) untuk empat Dusun dan dibuatkan Jembatan diatas kali londo yaitu kali yang di buat oleh orang belanda. Dusun Kalimati kemudian terbagi menjadi 2 (Dua) Dusun karena Luas dan Jumlah Penduduknya yang banyak, Yaitu :

1. Dusun Kalimati Kulon, dan
2. Dusun Kalimati Wetan.

dan sekarang di Desa Kalirejo tetap 4 Dusun yaitu :

1. Dusun Gedong
2. Dusun Ngulek
3. Dusun Kalimati Kulon
4. Dusun Kalimati Wetan

Menurut sejarahnya, cikal bakal desa Kalirejo bermula dari perkembangan masyarakat yang tinggal di sekitar desa yang kebanyakan di desa kami ini dulunya banyak berjajar sungai-sungai/kali-kali yang aliran airnya tidak bisa menyatu antara sungai/kali yang satu dengan yang lainnya dan ada salah satu diantara sungai/kali tersebut yang dulunya oleh warga sekitar dikatakan keramat sehingga menurut kepercayaannya jika seseorang mandi atau meminum air di sungai/ kali tersebut segala macam jenis penyakit bisa sembuh, dari situlah awal orang menamai desa kami ini Kalirejo yang sering oleh orang salah persepsi menyebut dengan kalimati padahal kalimati adalah bagian dari dusun-dusun yang ada di Desa Kalirejo

Inilah sejarah singkat Desa Kalirejo yang dapat penulis telusuri. Semua kebenaran dari sejarah ini hanya milik Allah SWT dan semoga penulis dimaafkan jika sejarah ini ada kekeliruan atau ada yang melenceng dari kebenaran.